El 19 de Agosto de 1954, el Papa Pío XII erigió la Diócesis de San Isidro mediante la bula “Neminem Fugit”. Esta nueva jurisdicción eclesiástica es desmembrada de la Arquidiócesis de San José y de la Diócesis de Alajuela, comprendió los cantones de Dota, Tarrazú, y Pérez Zeledón de la Provincia de San José, y los cantones de Aguirre, Osa, Buenos Aires y Coto Brus de la provincia de Puntarenas, atendidos hasta ese momento por la Diócesis de Alajuela.
Después, con la creación de la Diócesis de Puntarenas, el 17 de abril de 1998, el territorio diocesano quedó modificado al separársele los territorios pertenecientes a los cantones de Aguirre y Parrita, así como los correspondientes a la Isla del Coco, al pertenecer al cantón de Puntarenas, geografía comprendida en la nueva jurisdicción.
La Diócesis de San Isidro de El General, está bajo el patrocinio de San Isidro Labrador, humilde santo madrileño, agricultor y jornalero que muere hacia el año 1130, y es canonizado por el Papa Gregorio XV, el 16 de junio de 1622.
Nuestra diócesis, está actualmente conformada por cinco vicarías foráneas, que agrupan 26 parroquias y más de seiscientas comunidades o filiales, distribuidas en los 7.857,04 km² de territorio, con una población estimada para el 2020, según datos del INEC, en 410.244 personas. Esta zona, es atendida por poco más de sesenta sacerdotes, entre diocesanos y religiosos, se cuenta con siete diáconos permanentes, y se destaca la presencia de distintas congregaciones religiosas, que han venido a fortalecer la pastoral de nuestra diócesis, entre ellas: Religiosas Oblatas al Divino Amor, Hermanas Inmaculatinas, Hermanas Presentacionistas, Hermanas de la Asunción, Hermanas Bethlemitas, Hermanas Capuchinas de la Madre del Divino Pastor, Hermanas Catequistas, Hermanas Clarisas, Franciscanos de Cristo Obrero, Salesianos, Agustinos, y Misioneros Trinitarios.
Además, la Diócesis de San Isidro de El General, se ha caracterizado por ser un semillero vocacional, contando con presencia de vocaciones en distintas comunidades religiosas y misioneras en varias partes del mundo; actualmente, cuenta con 12 jóvenes que se preparan en el Seminario Nacional Nuestra Señora de los Ángeles en su formación sacerdotal, y 2 acólitos que esperan próximamente su ordenación diaconal.
Así mismo, nuestra diócesis se ha visto enriquecida particularmente por los laicos, quienes representan sin duda alguna, la riqueza de nuestra diócesis, quienes respondiendo a su vocación bautismal, se han comprometido en todos los campos del quehacer evangelizador, un significativo grupo de 15 mil agentes de evangelización llevan la Buena Noticia de la salvación por valles, llanuras, montañas y zonas costeras.
Para la evangelización, la Diócesis cuenta con diversos centros de atención, llamados: Casa Sinaí y Casa del Clero. Cuenta con el Centro Vocacional Casa Santa María y cuatro centros de atención familiar llamados CEDIOFA. Posee un centro cedido a profesionales para la atención de personas en situación de drogadicción. Mediante los religiosos, colabora con dos centros de atención a menores. Y cuenta con una emisora, desde la cual, impulsa también el proceso formativo y cultural.