Nació el 28 de diciembre de 1965 en Atenas de Alajuela, hijo de Fernando Calderón Calderón y Lucía Vargas García, fue bautizado en San Rafael de Atenas. Realizó sus estudios primarios en la Escuela Central de Atenas en Alajuela de 1972 a 1974 y en la Escuela Carolina Dent de Hatillo de 1974 a 1977, sus estudios secundarios los realizó en el Instituto Técnico Don Bosco en San José de 1978 a 1983; sus estudios eclesiásticos los realizó en el Seminario de los Misioneros Combonianos de 1984 a 1986 en Hatillo Costa Rica, en el Noviciado Misionero Comboniano en Michoacán México de 1986 a 1988, en el Saint Sulpice en París Francia de 1988 a 1990 y en el Seminario Centra de Costa Rica de 1991 a 1993.
Incardinado a la Diócesis de San Isidro, fue ordenado diácono el 19 de diciembre de 1992 y presbítero el 28 de diciembre de 1993 en la Parroquia San Rafael de Atenas por manos de Mons. Ignacio Trejos.